Μετά από πενταετή παύση των πρωταθλημάτων λόγω του πολέμου, η ΕΠΟ διοργάνωσε πρωτάθλημα τη σεζόν 1945-46 και ο ΑΡΗΣ το κατέκτησε.
Τελευταία φορά που ο ΑΡΗΣ στέφθηκε πρωταθλητής Ελλάδας ήταν τη σεζόν 1945-46, στο πρώτο μεταπολεμικό πρωτάθλημα που διοργάνωσε η ΕΠΟ. Σε αυτό συμμετείχαν οι πρωταθλητές των τριών ιδρυτικών Ενώσεων, της ΕΠΣ Αθηνών (ΑΕΚ), της ΕΠΣ Πειραιώς (Ολυμπιακός) και της ΕΠΣ Μακεδονίας (ΑΡΗΣ).
Εντός αγωνιστικού χώρου, ο ΑΡΗΣ αναδείχθηκε πρωταθλητής κερδίζοντας 4-1 την ΑΕΚ και 1-0 τον Ολυμπιακό στην έδρα του, ενώ εκτός έδρας ήρθε ισόπαλος 1-1 με την ΑΕΚ και ηττήθηκε 4-0 από τον Ολυμπιακό. Η νίκη που καθόρισε τον τίτλο ήταν το εντός έδρας 4-1 με την ΑΕΚ.
Η ΕΠΟ όμως έδωσε το πρωτάθλημα στην ΑΕΚ, μηδενίζοντας τον ΑΡΗ σε τρία παιχνίδια για αντικανονική συμμετοχή του ποδοσφαιριστή Σιώτη. Οι «κίτρινοι» έκαναν έφεση και δικαιώθηκαν, κατακτώντας τελικά αυτοί τον τίτλο που κέρδισαν επάξια στα γήπεδα.
Η σύνθεση του ΑΡΗ: Βαγγέλης Αθανασιάδης, Βαχάκ Αμπραχαμιάν, Άγγελος Βασιλειάδης, Κώστας Βελλιάδης, Κλεάνθης Βικελίδης, Νίκος Καφταντζής, Σίμος Καφταντζής, Μιχάλης Κολωνιάρης, Γιάννης Λιακόπουλος, Αχιλλέας Μάγρας, Κώστας (Τάκης) Νικολαίδης, Σοφοκλής Παππάς, Νίκος Ράμμος, Αλέκος Σιώτης, Δημήτρης Σταυράκμπεης, Βλαδίμηρος Τακατζόγλου, Νίκος (Λάκης) Τσώνας, Λευτέρης Φυσικόπουλος, Λευτέρης Χαλυβόπουλος.
Προπονητής του ΑΡΗ ήταν ο παλαίμαχος ποδοσφαιριστής του, Διονύσης Καλτέκτης και πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος ο Κλεάνθης Βικελίδης με τρία γκολ.