Την σεζόν 1985-86, η αρμάδα του Γιάννη Ιωαννίδη θα προσθέσει στο παλμαρέ της το 5ο πρωτάθλημα της ιστορίας της, σημειώνοντας 26 νίκες σε ισάριθμα παιχνίδια.
Η διαφορά δυναμικότητας με τις υπόλοιπες ομάδες του πρωταθλήματος ήταν αρκετά μεγάλη και ο ΑΡΗΣ πέτυχε πάνω από 100 πόντους σε 16 από τα 26 ματς το οποία έδωσε στο τελευταίο πρωτάθλημα Α’ Εθνικής κατηγορίας που πραγματοποιήθηκε, αφού από την επόμενη σεζόν άλλαξε το σύστημα διεξαγωγής. Ο Νίκος Γκάλης αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος για έκτη συνεχόμενη χρονιά πετυχαίνοντας 912 πόντους σε 23 αγώνες.
Την ομάδα που έφτασε αήττητη στην κατάκτηση του τίτλου, αποτελούσαν οι: Γκάλης, Γιαννάκης, Φιλίππου, Ρωμανίδης, Σταμάτης, Κοκαλάκης, Παπαγεωργίου, Τσιτάκης, Δοξάκης, Λυπηρίδης, Μαντόπουλος. Προπονητής Γιάννης Ιωαννίδης
Αλλαγή συστήματος διεξαγωγής, ίδιο αποτέλεσμα. Ο ΑΡΗΣ ξανά πρωταθλητής Ελλάδος!
Το πρωτάθλημα Ελλάδος του 1987 διοργανώθηκε για πρώτη φορά ως Α1 Εθνική κατηγορία, με το σύστημα των πλέι-οφ να ενσωματώνεται μετά το πέρας της κανονικής περιόδου του πρωταθλήματος. Ο ΑΡΗΣ τερμάτισε αήττητος για δεύτερη συνεχόμενη χρονιά με 18 νίκες σε 18 αγώνες πετυχαίνοντας τριψήφιο αριθμό πόντων στους έντεκα από αυτούς. Στην προημιτελική φάση των πλέι-οφ, θα αποκλείσει τον Ηλυσιακό νικώντας τον με διαφορά 72 πόντων (135-63), ενώ στα ημιτελικά θα ξεπεράσει το εμπόδιο του Παναθηναϊκού. Στον πρώτο τελικό του πρωταθλήματος της Α1, ο ΑΡΗΣ χρειαζόταν μόλις μία νίκη εναντίον του Πανιωνίου για να κατακτήσει τον τίτλο, κάτι που πέτυχε στις 22 Απριλίου του 1987 νικώντας με 129-81, με 44 πόντους του Νίκου Γκάλη.
Ο ΑΡΗΣ εκείνης της χρονιάς, είχε στην σύνθεσή τους, τους: Γκάλη, Γιαννάκη, Σούμποτιτς, Ρωμανίδη, Φιλίππου, Σταμάτη, Παπαγεωργίου, Λυπηρίδη, Δοξάκη, Τσιτάκη, Αθανασιάδη, Κασμερίδη, Κοκολάκη, Παρίση. Προπονητής Γιάννης Ιωαννίδης
Three Peat, με ομάδα-όνειρο:
Τη σεζόν 1987-88 ο ΑΡΗΣ παρουσιάζει μία από τις καλύτερες συνθέσεις της ιστορίας του, με τον Νίκο Γκάλη και τον Παναγιώτη Γιαννάκη ως ηγέτες της ομάδας, αλλά και τον Λευτέρη Σούμποτιτς, τον Καναδό Γκρεγκ Ουίλτζερ, το Νίκο Φιλίππου, το Μιχάλη Ρωμανίδη, το Βασίλη Λυπηρίδη, κ.α.Στο πρωτάθλημα πραγματοποίησε μία από τις καλύτερες χρονιές της ιστορίας του κατακτώντας για τρίτη συνεχόμενη σεζόν τον τίτλο με μεγαλύτερο όπλο την επίθεση του, αφού πέτυχε τριψήφιο αριθμό πόντων σε 16 από τα 21 συνολικά ματς που έδωσε σε κανονική περίοδο και πλέι-οφ. Στον τελικό της 27ης Απριλίου του 1988 εναντίον του ΠΑΟΚ κέρδισε με 100-85 με 40 πόντους του Γκάλη και 26 πόντους του Σούμποτιτς.
Η ομάδα που θριάμβευσε και εκείνη την χρονιά, είχε στο δυναμικό της τους: Γκάλη, Γιαννάκη, Λυπηρίδη, Σούμποτιτς, Μισούνοφ, Ρωμανίδη, Φιλίππου, Δοξάκη, Ουίλτζερ, Κατσούλη, Βουρτζούμη, Κάπτσικ, Αβδάλα. Προπονητής Γιάννης Ιωαννίδης
Απτόητος και πάλι στην κορυφή
Παρά το ότι δεν κατάφερνε να κατακτήσει τον πολυπόθητο ευρωπαϊκό τίτλο, στην Ελλάδα ο ΑΡΗΣ μονοπωλούσε τα τρόπαια, αφού κατέκτησε για τέταρτη συνεχή χρονιά το νταμπλ. Στην κανονική περίοδο του πρωταθλήματος κατετάγη δεύτερος, έχοντας 19 νίκες και 3 ήττες αλλά στη διαδικασία των πλέι-οφ ξεπέρασε τους Πανιώνιο, Ηρακλή και Π.Α.Ο.Κ., κατακτώντας για ένατη φορά το τρόπαιο.
Γκάλης, Γιαννάκης, Βράνκοβιτς, Σούμποτιτς, Λυπηρίδης, Ρωμανίδης, Φιλίππου, Δοξάκης, Κατσούλης, Μπαλτατζής, Βουρτζούμης, Μισούνοφ. Προπονητής Γιάννης Ιωαννίδης. Η πρωταθλήτρια ομάδα.
Το πρώτο αστέρι στην φανέλα
Ο ΑΡΗΣ κατέκτησε τον τελευταίο τίτλο πρωταθλήματος, νικώντας σε μία εκπληκτική σειρά τελικών τον Π.Α.Ο.Κ. Μετά το πέρας της αγωνιστικής περιόδου, ο ΑΡΗΣ μετέφερε τις δύο νίκες που είχε πραγματοποιήσει κατά του αιώνιου αντιπάλου του και χρειαζόταν άλλες δύο για να κατακτήσει τον τίτλο. Ο Π.Α.Ο.Κ. κέρδισε τα δύο πρώτα ματς με 79-84 και 65-74 ισοφαρίζοντας τη σειρά σε 2-2. Στον πέμπτο μεταξύ τους αγώνα, ο Π.Α.Ο.Κ. προηγούνταν του ΑΡΗ με 81-85 μόλις 20″ πριν τη λήξη. Ο Γιαννάκης μείωσε σε 83-85 και στην επαναφορά από τον Μπάρλοου, ο Ντίνος Αγγελίδης έκλεψε την μπάλα, έδωσε πάσα στον Γκάλη και εκείνος με τη σειρά του στον Γιαννάκη, ο οποίος με τρίποντο στη λήξη του αγώνα έδωσε τη νίκη στην ομάδα. Ανάλογο σκηνικό επαναλήφθηκε στον έκτο τελικό της σειράς, με τον ΠΑΟΚ να προηγείται με 74-80 ένα λεπτό πριν τη λήξη. Οι παίκτες του ΑΡΗ μείωσαν σε 78-80 και στην τελευταία επίθεση ο αμερικανός Μπραντ Σέλλερς πέτυχε δίποντο και κέρδισε και φάουλ. Ευστοχώντας στη βολή έδωσε στον Αυτοκράτορα το δέκατο πρωτάθλημα της ιστορίας του.
Η ομάδα που σήκωσε τον τίτλο του πρωταθλητή, απαρτίζονταν από τους: Γκάλη, Γιαννάκη, Σούμποτιτς, Σέλερς, Μισούνοφ, Αγγελίδη, Λυπηρίδη, Δοξάκη, Ρωμανίδης, Μπουσβάρο, Δαλιάρη, Βουρτζούμη, Πιάρα, Καλόγηρο, Γιώρα. Προπονητές Λάζαρος Λέσιτς, Μιχάλης Κυρίτσης